Naloge in pristojnosti, notranjo organizacijo, organe ZD, organizacijske enote in lokacije, na katerih ZD izvaja dejavnost, določata Statut in Pravilnik o notranji organizaciji in sistemizaciji delovnih mest.
Za izvajanje dejavnosti ZD se v ZD z organizacijsko poslovnega vidika oblikujejo naslednje organizacijske enote (OE):
- OE Splošnega zdravstvenega varstva
- OE Zobozdravstvenega varstva
- OE Nujna medicinska pomoč
- OE Reševalna služba
- OE Zdravstveno vzgojni center
Posamezno organizacijsko enoto sestavljajo delovne enote (DE), ki predstavljajo osnovno organizacijsko obliko za posamezno strokovno področje. Zaradi specifičnih poslovnih in vodstvenih razlogov se delovne enote združujejo v organizacijsko enoto. Podrobnejšo notranjo organizacijo in sistemizacijo delovnih mest določi direktor s pravilnikom iz prvega odstavka tega člena po predhodnem soglasju strokovnega sveta.
ZD lahko organizira nove organizacijske enote v skladu z mrežo javne zdravstvene službe v soglasju z ustanoviteljico.
OE imajo predvsem naslednje pristojnosti:
- načrtovanje dela in razvoja dejavnosti
- organizacija dela v enoti (delovni čas, razporedi, odsotnosti, nadomeščanja,ipd.)
- oblikovanje predlogov nabave osnovnih sredstev
- nabava reprodukcijskega materiala, potrošnega materiala in drobnega inventarja
- dajanje predlogov strokovnemu svetu o strokovnih izobraževanjih in izpopolnjevanjih
OE nimajo samostojnih pooblastil v pravnem prometu.
OE ima vodjo, ki je delavec s posebnimi pooblastili in odgovornostmi. Vodja OE skrbi za izvajanje pristojnosti iz predhodnega člena in za strokovnost dela ter ima pooblastila in odgovornosti, določene s sklepom direktorja.
Vodje OE imenuje in razrešuje direktor in so za svoje delo odgovorni direktorju.
Direktor ZD je lahko istočasno vodja OE. Tudi pomočnica direktorice za zdravstveno nego je delavka s posebnimi pooblastili. Imenuje in razrešuje jo direktor in je za svoje delo odgovorna direktorju.
DE imajo vodje, ki so v strokovnem pogledu odgovorni za delo enote. Vodje DE imenuje in razrešuje direktor v soglasju z vodjo OE.
Vodje OE, pomočnica direktorice za zdravstveno nego in vodje DE morajo izpolnjevati posebne pogoje, določene v aktu o sistemizaciji delovnih mest.